Struktur organisasi Fakultas Kehutanan Universitas Tanjungpura disusun sebagai pilar utama dalam meningkatkan kinerja pelayanan penyelenggaraan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Penataan organisasi ini dilakukan sebagai langkah nyata dalam penyederhanaan birokrasi dan penguatan tata kelola institusi agar lebih efektif dan akuntabel.

Berdasarkan landasan hukum yang ditetapkan, unsur organisasi di bawah pemimpin Fakultas terdiri dari Senat Fakultas, Pimpinan Fakultas (Dekan dan para Wakil Dekan), Penjaminan Mutu, Bagian Tata Usaha, hingga Jurusan dan Laboratorium.